يعرف قسم الجراحة بتقديمه أعلى مستوى من خدمات الرعاية الطبية إلى المرضى وتوفير أعلى معايير التدريب الجراحي الشامل والخدمات والأبحاث. ويتألف قسم الجراحة من ستة وحدات وهي: العظام، والجراحة التجميلية، والمسالك البولية، والأنف والأذن والحنجرة، وجراحة العيون، والجراحة العامة، والتي تشمل جراحة المناظير، وزراعة الأعضاء، وجراحة الثدي، والكبدية الصفراوية، والجراحة الوعائية، وجراحة الأطفال، وجراحة القولون والمستقيم، والجهاز الهضمي العلوي وجراحة الغدد الصماء. وتعمل هذه الأقسام بتعاون وانسجام لتقديم خدمات متكاملة للمجتمع على نطاق واسع. كما يقدم القسم فرص التطوير المهني المستمر وفرص التدريب والتعليم المستمر للموظفين.
يقوم القسم بتوزيع العمل بحسب تخصص وخبرة كل جراح إلى: جراحة المناظير، جراحة الكبد والصفراء والأورام الجراحية، الجهاز الهضمي السفلي وجراحة القولون والمستقيم، الجهاز الهضمي العلوي وجراحة الغدد الصماء.
يتعامل القسم مع إصلاح وترميم أو استبدال العيوب الجسدية التي تؤثر على الجلد والجهاز العضلي الهيكلي وهيكل الفم والوجه والفكين واليدين والقدمين والثدي والجذع.
تتألف هذه الخدمة من شقين جراحة الأنف والأذن والحنجرة العامة بما فيها ترميم مجرى التنفس وجراحة أورام الرأس والعنق، حيث تتم معالجة جميع أنواع أورام الرأس والعنق في عيادة مشتركة للرأس والعنق. يقوم هذه الفرع بتقديم خدمات خاصة على سبيل المثال لا الحصر جراحة الحنجرة، جراحة قاعدة الجمجمة، ترميم مجرى التنفس بالإضافة إلى خدمات السمع وعلاج النطق وجراحة الجيوب بالمنظار.
يتعامل هذا الفرع مع جميع المشاكل الوعائية الحادة والمزمنة سواء المحيطية أو المركزية بدعم تقنيات ومعدات تصوير متطورة وأشعة دوبللر الفوق صوتية وأشعة الرنين المغناطيسي الوعائية بالإضافة إلى إجراءات وعائية تداخلية متطورة مثل الرأب الوعائي ووضع دعامات داخل الأوعية.
يقوم القسم بعمليات العظام بتقنيات متطورة وبأحدث المعايير. وقد ساهم القسم بشكل كبير في استحداث تقنية مبتكرة مثل استبدال مفصل الركبتين في آن معاً وغيرها من عمليات رأب المفاصل مثل مفاصل الحوض والمرفق كما يتم القيام بعمليات العمود الفقري باستمرار، وكذلك العمليات الترميمية للبالغين والأطفال بالإضافة إلى الطب الرياضي وجراحة الكتف.
يقدم هذا القسم أحدث الابتكارات للمجتمع، وهو يقبل جميع حالات المسالك البولية المحولة إليه سواء من البالغين أو الأطفال بما فيها أورام المسالك البولية والمثانة العصبية والخلل الوظيفي في إفراغ المثانة وباطن المسالك البولية وأمراض الذكورة وجراحة المسالك البولية الخلقية والترميمية.
يعمل هذا الفرع بتنسيق وانسجام مع قسم طب الأطفال حيث يقدم خدماته لحديثي الولادة والأطفال ويقوم بالعمليات الاختيارية والطارئة .
يتم توفير الخدمة في هذا القسم أيضاً حيث يقوم بعمليات جراحية مفتوحة وبالمنظار لمرضاه.
تم تجهيز هذه الشعبة بشكل جيد وتقدم الشعبة خدمات خاصة تشمل القرنية والحجرة الأمامية للعين والشبكية والعلاج بالليزر وأمراض العين للأطفال والأمراض العصبية للعين. كما تتضمن خدمات هذه الشعبة أيضاً قياس البصر وخدمات تصوير العين.
يتم تقديم هذه الخدمة بالتعاون الوثيق مع قسم أمراض الكلى وأخصائي جراحة الأوعية الدموية والذي يقوم في بعض الأحيان بالمساعدة في إنشاء مدخل وعائي طويل الأمد. يتم قبول حالات المرضى الذين يعانون من فشل كلوي في مراحله الأخيرة والذين سيحتاجون في النهاية إلى زراعة عضو.