كجزء من رؤية 2030 وبرامجها، تحول مستشفى الملك فيصل التخصصي ومركز الأبحاث إلى مؤسسة مستقلة ذات طبيعة خاصة غير هادفة للربح تماشيًا مع خطط التحول لدى المملكة العربية السعودية 2030. كما يتماشى برنامج التحول مع الرؤية الإستراتيجية للمؤسسة لتصبح رائدة في مجال الرعاية الصحية على الصعيد العالمي من خلال التميز والابتكار. هناك مبادراتين في إطار برنامج التحول: