يعد مجلس الإدارة في مستشفى الملك فيصل التخصصي ومركز الأبحاث الجهة المسؤولة عن وضع الاستراتيجيات وتنظيم الهيكل التنظيمي للمستشفى، حيث أن المشرف العام التنفيذي هو المسؤول عن الأداء العام للمستشفى ونجاحها، وهو المسؤول عن قيادة وتطوير وتنفيذ الاستراتيجيات طويلة المدى
وبقيادة المشرف العام التنفيذي، يقوم أعضاء مجلس الإدارة بتحديد ومراقبة الخدمات والبرامج، بالإضافه إلى إدارة ومراقبة الموارد المالية.