تلتزم إدارة الشؤون الأكاديمية والتدريب بتوفير التعليم الطبي كجزء مهم من دور مستشفى الملك فيصل التخصصي ومركز الأبحاث في هذا المجال، بالإضافة إلى تقديم الرعاية الصحية للمرضى وإجراء البحوث. ويتم تنظيم برامج تدريب شهادة الاختصاص (الإقامة) والزمالات الطبية للطلبة في المملكة العربية السعودية بالتعاون مع الهيئة السعودية للتخصصات الصحية.